Untenstehend werden einzig die unter Leitung des Archivs herausgegebenen Publikationen erwähnt; die bibliografischen Angaben zu den Arbeiten der Archivare finden sich in den Jahresberichten des AAEB.
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| De la crosse à la croix. L'ancien Évêché de Bâle devient suisse (Congrès de Vienne - 1815)
2018 hat das AAEB die Tagungsbeiträge des 2015 in Pruntrut abgehaltenen Kolloquiums zur Angliederung des "Fürstentums Pruntrut" an die Kantone Basel und Bern zusammengestellt und herausgegeben. Bestellungen: Éditions Alphil, Neuenburg (CHF 29.- oder € 26.-) S. Inhaltsverzeichnis
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| Le Jura en Berne. Bicentenaire du Congrès de Vienne (1815)
Vom AAEB herausgegebene Publikation zur gleichnamigen Ausstellung im Musée de l'Hôtel-Dieu in Pruntrut (Oktober 2015 - März 2016). Die Ausstellung wurde durch das AAEB veranlasst. Bestellungen (CHF 20.-) S. Inhaltsverzeichnis
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| Pro Deo
Das AAEB organisierte 2006 an vier verschiedenen Standorten die Ausstellung „Pro Deo“ zum religiösen Leben im Mittelalter und zur Reformation (April bis Herbst 2006). Parallel dazu erschien ein reich illustriertes Buch. Auch auf Französisch erhältlich. Bestellung bei AAEB (CHF 30.- + Porto) S. Inhaltsverzeichnis
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| Geschichte der Diözese Basel in der frühen Neuzeit
Im Auftrag der Diözese Basel hat der Konservator des AAEB die Herausgabe eines Heftes zur Geschichte der Diözese in der Frühen Neuzeit geleitet und die Publikation auch weitgehend verfasst. Bestellung dieses Heftes: CHF 15.- + Porto (auf Französisch vergriffen). Es besteht die Möglichkeit, zum gleichen Preis das erste, von Gregor Jäggi verfasste Heft zu bestellen (Mittelalterliche Geschichte der Diözese). S. Inhaltsverzeichnis
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| Die Schenkung von 999
1999 organisierte das AAEB in Zusammenarbeit mit den Universitäten Basel, Freiburg und Neuenburg ein Kolloquium zur Schenkung von 999 und zur mittelalterlichen Geschichte des ehemaligen Fürstbistums Basel. Die Unterlagen des Kolloquiums wurden vom AAEB herausgegeben. Vergriffen. S. Inhaltsverzeichnis
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| Artikel aus den Jahresberichten
Seit 1986 (mit Ausnahme von 2005/2006) publiziert das wissenschaftliche Personal der Stiftung im Anhang zum Jahresbericht jeweils einen wissenschaftlichen Artikel zu den Beständen des AAEB. Bestellung eines Artikels gegen Bezahlung. S. dazu die Artikelliste
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